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Existen diferentes formas de ver la versión de MySQL que estás usando, una de ellas sería usando la utileria de mysqladmin, la cuál sirve no solo para ver la versión, sino para realizar diferentes actividades de administración sobre la base de datos otra forma es ejecutando una sentencia dentro del manejador de MySQL.

Los ejemplos los pondre desde un mysql instalado en windows, pero también funcionan para otros sistemas operativos.

Usando la utilería mysqladmin

La utilería de mysqladmin generalmente se encuentra dentro del directorio bin de MySQL y la forma de ejecutarlo es la siguiente usando el usuario root y su password correspondiente.

C:MySQLbin>mysqladmin -u root -p version

Enter password: *******
mysqladmin Ver 8.41 Distrib 5.0.18, for Win32 on ia32
Copyright (C) 2000 MySQL AB & MySQL Finland AB & TCX DataKonsult AB
This software comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. This is free software,
and you are welcome to modify and redistribute it under the GPL license

Server version 5.0.18
Protocol version 10
Connection localhost via TCP/IP
TCP port 3306
Uptime: 15 hours 5 min 59 sec

Threads: 2 Questions: 31 Slow queries: 0 Opens: 0 Flush tables: 1 Open tables: 0 Queries per second avg: 0.001

Como pueden observar esto nos da la version de MysQL y la versión del protocolo de comunicación que se esta usando.
No dice la forma en la que estamos conectado, en este caso usando TCP/IP y el puerto de MysQL.
El tiempo que lleva arriba la base de datos de MysQL.

Al final podemos ver una linea con cierta información que se describe a continuación.

Threads: El número de threads o clientes que tenemos conectados a la base de datos. Siempre vamos a tener al menos uno, que sería el thread de mysqladmin que esta corriendo.
Questions: El número de queries que MySQL a recivido desde que se inicio MysQL.
Slow queries:El número de queries que han tomado más tiempo del especificado para su ejecución. Este se especifíca por la variable long_query_time, que puede observarse ejecutando mysqladmin extended-status.
Opens: EL número de tablas que han sido abiertas desde el inicio de MySQL.
Flush tables:El número de comandos del tipo flush, reload y refresh que han sido ejecutados desde que se inicio MysQL.
Open tables: EL número de tablas que están actualmente abiertas.
Queries per second avg: El promedio de queries por segundo que se están ejecutando en el servidor de MySQL.

Ejecutando una sentencia en MySQL

Esta forma solo nos da la versión del manejador de MySQL que tenemos instalado. Para esto debemos de iniciar una sesión dentro de la base de datos.

C:MySQLbin>mysql -u root -p
Enter password: *******
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or g.
Your MySQL connection id is 7 to server version: 5.0.18

Type 'help;' or 'h' for help. Type 'c' to clear the buffer.

mysql> select version();
+-----------+
| version() |
+-----------+
| 5.0.18 |
+-----------+
1 row in set (0.03 sec)

En este ejemplo la versión es 5.0.18 de MySQL.


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